O Ministério Público do Estado do Rio de Janeiro (MPRJ), por meio da 3ª Promotoria de Justiça de Tutela Coletiva de Defesa de Cidadania da Capital, ajuizou ação civil pública contra 14 executivos de Furnas, entre conselheiros, diretores, engenheiros. De acordo com a ação, os acusados promoveram uma alteração ilegítima de membros da sociedade montada para construir e explorar a usina hidrelétrica de Serra do Facão, em Goiás. Segundo as investigações, o ato acarretou em perdas financeiras de R$ 8.4 milhões, integralmente assumidos por Furnas. O MPRJ requer a condenação dos réus de acordo o artigo 12, da Lei Federal nº 8.429/92, conhecida como Lei de Improbidade Administrativa, que prevê a perda dos direitos políticos e sequestro de bens para o ressarcimento dos danos ao erário.
 
Segundo a ação, o conselho de Furnas concedeu privilégios à Companhia Energética Serra da Carioca II – Cesc e promoveu compulsoriamente a entrada da empresa na sociedade Serra do Facão Participações S/A. A admissão contrariou parecer emitido pela Diretoria Financeira de Furnas, que foi descartado pelo então diretor-presidente da companhia energética, Luiz Paulo Conde, ex-prefeito do Rio. 
 
A entrada da Serra Carioca na sociedade foi acertada em reunião no dia 31 de janeiro de 2008 em substituição à empresa Oliveira Trust. De acordo com as investigações, a Serra Carioca fora criada apenas 35 dias antes, com capital social de R$ 1 mil. 
 
O negócio chamou a atenção do BNDES que, aprovara financiamento para construção da usina hidrelétrica, uma vez que o projeto fazia parte do Programa de Aceleração do Crescimento (PAC), do Governo Federal.  O acordo com o banco estipulava a obrigação de não promover atos ou medidas que prejudicassem ou alterassem o equilíbrio econômico-financeiro do negócio. Com a mudança na sociedade, o BNDES considerou que o novo parceiro de Furnas era desqualificado para o empreendimento e suspendeu a concessão do financiamento, impondo encargos financeiros para Serra do Facão Energia S/A. 
 
Mas as investigações mostram que, mesmo os encargos tendo sido provocados pela reprovação cadastral do novo sócio do negócio, eles foram pagos exclusivamente pelos cofres de Furnas, em controverso benefício em favor da Serra da Carioca. Além disso, os gestores de Furnas deixaram de cobrar da nova sócia, multa e juros oriundos do inadimplemento dos aportes financeiros relativos às subscrições das ações da Serra do Facão, conforme determinado no acordo de acionistas.
 
Por participação nas decisões e consentimento do negócio, o MPRJ acusa na ação Valter Luiz Cardeal de Souza, ex-presidente do Conselho Administrativo de Furnas; Carlos Agenor Magalhães da Trindade, diretor de Construção; Luiz Fernando Silva de Magalhães Couto, diretor de gestão corporativa; Boris Garbati Gorestin, engenheiro; Ricardo de Barros Moraes Sayão, presidente da mesa na assembleia geral extraordinária da Serra do Facão; Oswald Bastos Cobra, ex-presidente do Conselho de Administração; Celso de Oliveira Sant’anna, superintendente de planejamento; Henrique Mello de Moraes, Diretor Financeiro; José Oswaldo Morales Júnior, corretor de valores; Sérgio Guaraciaba Martins Reinas, sócios da Cia Energética Serra da Carioca; e os membros do Conselho de Administração, Márcio Pereira Zimmermann, Ricardo de Gusmão Dornelles, Fábio Machado Resende, Victor Albano da Silva Esteves.